홍성여성농업인센터는 날로 어려워지는 농촌현실 속에서 이중, 삼중의 부담을 안고 살아야 하는 여성농업인의 고민을 함께 해결하고 스스로가 농업에 대한 자부심을 갖고 자기 주도적인 삶을 살 수 있도록 하기 위해 농림부에서 2001년부터 시행하기 시작한 사업의 일환으로 2002년부터 활동을 시작하였다. 농촌 어린이에게 따뜻하고 안정적인 보육 및 창의적이고 다양한 방과후 아동지도 프로그램을 제공하여 여성농업인들이 안심하고 영농에 종사할 수 있도록 하는 한편, 다양한 여성농업인 교육과 문화, 건강강좌를 통해 그동안 사회전반에서 낙후되고 소외되었던 농촌지역 여성농업인들의 사회적 지위향상은 물론 삶의 질을 높이고 자기 정체성을 찾을 수 있도록 활동하고 있다. 2008년도에는 기관의 공공성을 확보하고 지속적으로 사업을 전개하기 위해 사단법인으로 전환하였다.