연대회의가 창립된 2001년 이후 시민이 주도하는 기념비적인 촛불집회가 여러 차례 일어났다. 2000년대 이후 일어난 촛불집회의 상당수는 자발적으로 거리에 나선 시민이나 학생들에 의해 시작되었고 시민사회단체들이 대책기구를 구성해 촛불집회 마당을 여는 방식으로 진행되었다.

    2002년 주한미군 훈련 중 장갑차에 의해 여고생 2명이 사망한 사건에 대해 주한미군 법정에서 무죄평결이 내려지자 의정부를 중심으로 이어지던 항의운동이 전국으로 확대되었다. 네티즌과 학생들에 의해 시작된 ‘미선이효순이추모촛불’은 곧 서울시청광장을 가득 채우고 주한미대사관을 에워싸는 거대한 촛불집회로 확대되었다. 시민사회단체들은 <미군장갑차 여중생 고 신효순 심미선 살인사건 범국민대책위원회>를 네티즌들은 <네티즌의 힘 사이버대책위원회>를 구성해 촛불집회에 함께 했다. 연대회의와 회원단체들도 이 범국민대책위에 참여했다.

    2003년 3월 20일 미국은 유엔의 결의없이 이라크를 침공했다. 2003년 연대회의는 제3회 전국 시민운동가 대회에서 “반드시 이라크 침략 전쟁의 전투병 파병을 저지하겠다.‘고 선언했고, 여러 회원단체들이 파병반대국민행동에 참여하여 반대 운동을 벌였다. 이후 김선일 사망 사건으로 인해 촛불집회로 확대되었다.

    2004년 3월, 17대 국회는 특정정당을 위한 불법선거운동으로 해석될만한 발언을 했다며 ‘대통령 노무현 탄핵소추안’을 가결시켰다. 이 탄핵안이 야당의 정략적 행동이라고 여긴 지지자들과 시민들이 광장에 나와 촛불을 들었다. 헌법재판소는 탄핵소추안을 기각하였다. 연대회의 회원단체들도 <탄핵무효 부패정치 척결을 위한 범국민행동>에 참여해 촛불을 들었다.

2008년 4월, 이명박 정부는 광우병 발생 위험성이 매우 높은 30개월 이상의 쇠고기를 수입하는 것으로 협상을 타결했다. 여중생들이 먼저 거리로 나서 ‘미친소 가라’를 외치며 촛불 시위를 시작했다. 연대회의를 포함한 시민사회단체들은 <광우병 위험 미국산 쇠고기 전면 수입 반대 국민대책회의>를 구성하여 촛불집회를 진행했다.      

    2012년 대선 직후 국정원이 댓글공작으로 대선에 개입했다는 의혹이 불거졌다. 이에 연대회의와 시민사회단체들은 <국가정보원 정치공작 대선개입 시민사회 시국회의>를 구성해 국정원 대선개입 진상규명과 책임자 처벌을 위한 촛불집회를 시작했다.